一、遗传的因素：研究发现自闭症不符合单基因遗传的特征，多基因遗传的可能性较大。在20%的自闭症者中，他的家族可找到有智能不足、语言发展迟滞和类似自闭症的。此外，自闭症男童中约10%有染色体脆弱症。
二、怀孕期间的病毒感染：妇女怀孕期间可能因麻疹或流行性感冒病毒感染，使胎儿的脑部发育受损伤而导致孤独症。
三、脑伤：包括在怀孕期间窘迫性流产等因素而造成大脑发育不全，生产过程中早产、难产、新生儿脑伤，以及婴儿其因感染脑炎、脑膜炎等疾病造成脑部伤害等因素，都可能增加自闭症机会。
四、生物学因素：患儿具有围生期损害史者较正常出生婴儿多，包括先天性风疹、巨细胞病毒感染、早产、难产、产伤、窒息等。自闭症患儿发生癫痫者较多 (10%-15%)，脑电图多有异常。
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